Wali Joko yang memiliki nama kecil Jaka Suwirya adalah kakak-beradik dengan Sunan Katong yang konon dimakamkan di Kaliwungu. Wali Joko yang di saat mudanya bernama Pangeran Panggung, merupakan putra bungsu Prabu Kertabumi atau Prabu Brawijaya V dengan Permaisuri Dewi Murdaningrum, seorang putri dari Kerajaan Campa (ada yang menyebutkan Kamboja atau Thailand saat ini.
Berdasarkan penelusuran sejarah yang berhasil dirangkum, disebutkan bahwa Wali Joko masih memiliki hubungan darah dengan Raden Patah, raja pertama Kesultanan Demak Bintoro. Dimana, Raden Patah adalah putra Prabu Kertabumi dengan Permaisuri putri Kerajaan Campa, Dewi Kian.
Saat muda, Pangeran Panggung pernah berguru pada Syeh Siti Jenar. Raden Patah yang mengetahui hal ini, kemudian menasehati Wali Joko agar meninggalkan ajaran yang dinilai menyimpang dari syariat Islam, utamanya di bidang tauhid itu. Raden Patah menyarankan agar Wali Joko belajar agama kepada Sunan Kalijaga yang beraliran ahlusunnnah wal jama’ah.
Sekitar tahun 1500 Masehi, atau tepatnya 1210 H, Pangeran Panggung mendirikan sebuah masjid di Kendal. Pangeran Panggung datang dan mendirikan masjid di daerah Kendal, setelah melewati pengembaraan yang cukup panjang. Pengembaraan yang harus dilakukan, setelah kerajaannya, yaitu Majapahit, runtuh karena diserang pasukan Prabu Girindra Wardhana dari Kediri.
Di masjid yang didirikannya, Wali Joko memiliki sejumlah santri. Beliau menanggung seluruh kebutuhan hidup para santrinya. Selain diberi pembelajaran ilmu agama, para santri juga dikaryakan antara lain dengan mengolah lahan pertanian dan tambak.
Kini, masjid peninggalan Wali Joko tersebut dikenal dengan Masjid Agung. Seiring berjalannya waktu, masjid yang berdiri ”gagah” di pusat Kota Kendal ini telah mengalami delapan kali renovasi.
Di sisi lain, tidak banyak benda-benda peninggalan yang dapat ditemui di masjid itu.
Menurut catatan takmir masjid, sejarah hanya menyisakan antara lain berupa, maksurah atau tempat shalat bagi bupati kala itu, mimbar tempat khotbah berbahan kayu jati yang di bagian muka bertuliskan tahun 1210 H, serta bergambar beduk dan penabuhnya.
Di kompleks berdirinya masjid yang saat ini sedang dibangun sebuah menara dengan tinggi 45 meter. Adanya makam di kompleks masjid, pada awalnya adalah rumah Wali Joko. Selain makam Wali Joko yang berada di depan sebelah selatan Masjid Agung Kendal, di belakang masjid juga terdapat dua makam ulama lainnya, yaitu makam Kiai Abu Sujak yang di era 1800-an adalah penghulu pertama Masjid Agung Kendal dan makam Wali Hadi yang meninggal pada 1930.
Tradisi peninggalan Wali Joko yang masih dapat ditemui di Masjid Agung Kendal, salah satunya ialah membuat tradisi buka bersama dan juga Kegiatan Tadarus di bulan Ramadan serta menggelar pengajian Kitab Kuning (kitab yang berisi uraian dan penjabaran para ulama yang bersumber dari Alquran dan Hadis.
